Trotz des Umsatzwachstums hat Flora-Holland das Jahr 2013 mit einem Verlust von 2,4 Mio. € abgeschlossen. Ursache sind nach Darstellung des Unternehmens die Veränderungen in der Absatzstruktur. Die Züchter, so heißt es, entscheiden sich immer häufiger für den Direktverkauf anstelle des Absatzes über die Versteigerungsuhr.
Als Reaktion darauf hat Flora-Holland im Oktober 2013 mit einer Umstrukturierung begonnen. Um die Kosten für das so genannte Projekt Kompass in Höhe von rund 22 Mio. € zu decken, fordert die Genossenschaft eine Unterstützung von ihren Mitgliedern ein.